Mais stellt an die Fruchtfolge keine spezifischen Ansprüche. Aufgrund der guten Selbstverträglichkeit ist Mais sowohl in Körnerfruchtfolgen als auch in Betrieben mit hohem Blattfruchtanteil gut zu integrieren. Seine Anteile können in weiten Bereichen schwanken. Hohe Maisanteile in der Fruchtfolge (> 66%) stehen allerdings in enger Wechselwirkung zu den Bodeneigenschaften und den Niederschlagsverhältnissen. Auf Problemstandorten wie z.B. staunassen, zur Verdichtung neigenden Böden sollte der Flächenanteil 30 % nicht übersteigen, während auf gut strukturierten, nicht erosionsgefährdeten Ackerflächen deutlich höhere Maisanteile möglich sind. Hier sollte aus phytosanitärer Sicht jedoch nach zwei aufeinanderfolgenden Anbaujahren eine Anbaupause erfolgen.
Da Mais die Fruchtfolgekrankheiten der Hauptgetreidearten (Halmbruch, Schwarzbeinigkeit) nicht überträgt, stellt er ein wichtiges Glied in getreidestarken Fruchtfolgen dar, insbesondere wenn es gelingt, die lange Vegetationszeit und die gute Bodenbeschattung zu einer Verbesserung der Bodenstruktur zu nutzen.
Die zurückbleibenden Stoppeln im Silo- und Körnermaisanbau, sowie das zurückbleibende Maisstroh im Körnermaisanbau, begünstigen bei mangelhafter Zerkleinerung und damit verbundener schlechter Verrottung, den Fusariumdruck im nachfolgendem Winterweizen. Durch ein sauberes Einarbeiten der Stoppeln und des Strohs - nach der Zerkleinerung - wird zusätzlich die Überwinterungsmöglichkeiten des Maiszünslers zerstört.
Mais hinterlässt etwa 20-25 dt/ha Wurzel- und Stoppeltrockenmasse als Vorfruchtwert. Wird Mais als Körner- oder CCM-Mais angebaut, sind 80-100 dt Trockenmasse an Stroh hinzuzurechnen. Dies entspricht einer Humuszufuhr von 250-350 dt/ha Stallmist.
Für den umweltfreundlichen Maisanbau ist die Integration in eine standortangepasste Fruchtfolge eine wichtige Voraussetzung. Vor allem beim Silomais verbleiben kaum Ernterückstände zur Absicherung des Humusgehaltes und zum Schutz des Bodens. Vor dem Anbau können Strohrückstände oder Zwischenfrüchte diese Funktion übernehmen, nach dem Anbau ist eine rasche Bodenbegrünung durch Wintersaaten oder durch als Untersaat in Mais erstellte Winterzwischenfrüchte von Bedeutung.